المهام التي يقوم بها قسم الرقابة الداخلية هو تدقيق كافة الانشطة في الجامعة للاقسام المالية و الادارية و القانونية ومراقبة وتدقيق كافة الحسابات و السجلات المالية و المشاريع وحسابات الخطة الاستثمارية والمعاملات المالية التي يقوم بها قسم الشؤون المالية و الكليات كافة
كلية الطب
كلية طب الاسنان
كلية الصيدلة
كلية العلوم الطبية التطبيقية
كلية التمريض
كلية الطب البيطري
كلية الهندسة
كلية العلوم
كلية العلوم السياحية
كلية الادارة والاقتصاد
كلية العلوم الاسلامية
كلية علوم الحاسوب وتكنولوجيا المعلومات
كلية القانون
كلية التربية للعلوم الصرفة
كلية التربية للعلوم الانسانية
كلية التربية البدنية وعلوم الرياضة
كلية الزراعة
وزارة التعليم العالي والبحث العلمي
جامعة بابل
جامعة بغداد
الجامعة التكنولوجية
جامعة ديالى
جامعة الموصل
جامعة الكوفة
جامعة البصرة
جامعة الانبار
جامعة تكريت
جامعة القادسية
جامعة النهرين
جامعة كركوك
الجامعة المستنصرية
جامعة ميسان
جامعة ذي قار
جامعة واسط
جامعة تكنولوجيا المعلومات والاتصالات
الجامعة العراقية
جامعة المثنى
جامعة القاسم الخضراء
الجامعة التقنية الوسطى
جامعة الفلوجة
جامعة الفرات الاوسط التقنية
الجامعة التقنية الجنوبية
جامعة سامراء
جامعة جابر بن حيان الطبية
جامعة الكرخ للعلوم
جامعة نينوى
جامعة البصرة للنفط والغاز
جامعة الحمدانية
الجامعة التقنية الشمالية
جامعة ابن سينا للعلوم الطبية والصيدلانية
كلية الإمام الأعظم الجامعة
جامعة سومر
جامعة تلعفر
جامعة الفراهيدي